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    RNomica Teórica y Computacional

    Descripción

    Es un grupo de caracter interdisciplinario que tiene como objetivo el estudio de los RNAs desde el punto de vista genómico y postgenómico. Las actividades desarrolladas por el grupo integran conceptos de las ciencias biológicas, la química, las matemáticas y las ciencias de la computación. Como meta a corto y mediano plazo propende por la creación de herramientas computacionales, construcción de modelos para resolver preguntas básicas de la biología y evolución de los ARNs y de aplicación en diferentes áreas como la medicina y sectores afines. 

    Debido a la expansión acelerada de investigación en biología celular y a los avances logrados en los últimos años sobre la función e importancia de los RNAs en la regulación de diversas funciones celulares, este grupo propone como estrategias a seguir actividades que involucran biología molecular y computacional y análisis bioinformático en pro de nuevo conocimiento en el área. Los avances logrados en tecnología de secuenciamiento o era Post-Sanger de secuenciación, permiten el secuenciamiento directo del transcriptoma. La eficiencia lograda en el campo ha incrementado el número y tamaño de bibliotecas de información sobre datos genómicos y de transcriptoma. Por tal motivo, el uso de herramientas computacionales, el manejo automatizado de la información y modelación de resultados de datos genómicos y postgenómicos asociados a RNAs es un reto a enfrentar por nuestro grupo de trabajo.   

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    ¿Por qué los RNAs?

    Los Los RNAs son los ácidos nucléicos mas abundantes en las células. Son el componente principal del transcriptoma, es decir del conjunto de moléculas funcionales de RNAs producto de la transcripción en una célula célula o en una población de células. Desde el punto de vista evolutivo, son son seleccionados unas de las móle mas antiguas y desde el punto de vista funcional presentan un repertorio amplio de funciones: desde desde portar el mensaje producto de la expresión de genes hasta regular la la expresión de genes, genes regulares implicados en procesos del desarrollo, desarrollo, tener un papel importante en la aparición de innovaciones morfológicas morfológicas en Metazoos y tener un papel fundamental en procesos epigenéticos. Dada su importancia en la biología de la célula, el estudio acelerado teórico y experimental de su función, función, estructura, evolución y organización genómica ha marcado una de los temas principales de las ciencias computacionales y modelación modelación matemática. La expansión del conocimiento sobre la biología biología de la célula basada en la maquinaria de los RNAs asi como su impacto en en el desarrollo de las ciencias de la computación y viceversa ofrecen al mundo actual la posibilidad de desarrollar investigación de punta que que generen nuevo conocimiento.

    Historia

    El grupo RNomica Teórica y Computacional surge en el año 2009 con la motivación de profundizar en la genómica y transcriptómica asociada a los tRNAs. Los trabajos motivadores se desarrollaron en colaboración con el grupo de Bioinformática de la Universidad de Leipzig-Alemania, dirigido por el Prof. Dr. Peter F. Stadler.

    Los trabajos pioneros estuvieron principalmente dedicados al estudio estructural de los tRNAs en el año 1993, bajo la dirección de los profesores Luis Eugenio Andrade y Edgar Daza, ambos profesores de la Universidad Nacional de Colombia. Desde el año 2011 hasta la mitad del 2014 el grupo enfocó todos sus esfuerzos en construir un laboratorio de cómputo de otros rendimiento para extender sus conocimientos a grupos de RNA no codificantes, y en formar la primera escuela en el tema en la Universidad Nacional de Colombia. El grupo mantiene activa su colaboración nacional e internacional con la Universidad de Leipzig y la Universidad de Sao Paulo. Sus proyectos han sido financiados por el Banco de la República, el Servicio Alemán de Intercambio Académico (DAAD), la Universidad Nacional de Colombia y Colciencias.

    Profesor Luis Eugenio Andrade

    Departamento de Biología. Universidad Nacional de Colombia

    Intereses: Biología teórica y evolutiva del RNA.

    Contacto:

    leandradep@unal.edu.co

    Profesor Edgar E. Daza

    Departamento de Química. Universidad Nacional de Colombia - Sede Bogotá

    Intereses: Química computacional aplicada al modelar RNAs

    Contacto:

    eedazac@unal.edu.co

    Profesor Peter F. Stadler

    Grupo de Bioinformática. Facultad de Informática y Matemáticas. Universidad de Leipzig.

    (Profesor honorífico - Universidad Nacional de Colombia 2018)

    Contacto:

    www.bioinf.uni-leipzig.de

     

    Misión

    El análisis del transcriptoma es hoy en día uno de los principales tópicos de estudio dentro de la biología molecular debido a la importancia de sus componentes: ser productos de la expresión génica, ser componentes de macroestructuras celulares y ribonucleoproteínas, tener función catalítica, ser adaptadores biológicos de los aminoácidos en el proceso de traducción y reguladores de la expresión de genes mediada por RNAs (RNAi, entre otros.

    La biología del RNA es uno de los temas de estudio de alto impacto para la genética y la biología molecular y computacional de hoy en día. Los temas actuales comprenden estudiar el origen, evolución, biogénesis, función y regulación de la expresión de genes mediada por RNAs así como el estudio de los patrones de expresión y procesamiento de RNAs.

    Los enfoques para el análisis del RNA son de carácter experimental, teórico, de aplicaciones y de desarrollo computacional. Ofrecen a los investigadores los fundamentos principales para profundizar en la biología del RNA.  Los avances de investigación en el área van paralelos entre teoría y trabajo de aplicaciones computacionales y permiten profundizar en los análisis de resultados experimentales.

    Nuestra misión se encamina entonces en el análisis genómico y postgenómico de RNAs bajo un enfoque evolutivo, funcional, computacional y estructural.

    Objetivos

    • Profundizar en la biología del RNA desde un enfoque computacional.
    • Desarrollar proyectos de investigación en biocomputo enfocado en RNomica  y en áreas afines.

    Líneas de investigación

    • Modelación de ARN
    • Análisis del transcriptoma
    • Identificación de ncRNAs
    • Modelación del Transcriptoma
    • Matemáticas aplicadas en la Ciencia
    • Estudio de organización genómica de tRNAs y su recambio evolutivo utilizando sistemas dinámicos
    • Combinatoria aplicada al estudio de patrones de expresión de elementos del transcriptoma

    Estrategia

    Colaboraciones

    Hemos desarrollado proyectos con diferentes universidades extranjeras y nacionales.


    Integrantes

    • Profesores líderes

      Clara Isabel Bermúdez Santana

      Departamento de Biología. Universidad Nacional de Colombia - Sede Bogotá.

      Intereses: Estudio y modelación del transcriptoma. Organización genómica de RNAs no codificantes y Modelación de estructura de ácidos nucléicos.

      Contacto: cibermudezs@unal.edu.co

      ORCID

      Docente Facultad de Ciencias

      http://www.bioinf.uni-leipzig.de/~clara/

      Gustavo Rubiano

      Departamento de Matemáticas. Universidad Nacional de Colombia         

      Intereses: Topología y estudio de Fráctales

      Contacto: gnrubianoo@unal.edu.co

      Docente Facultad de Ciencias

       

      Erika García

      PostDoctora: Proyecto Caracterización del viroma de holobiontes invertebrados marinos como base para estudios ecológicos de ecosistemas marinos. MinCiencias.

    • Estudiantes

      Estudiantes activos

      Joseph Alape Ariza

      Estudiante de Doctorado en Biología- Universidad Nacional de Colombia

      Contacto: jalapea@unal.edu.co

      Proyectos en curso: La muerte súbita es una enfermedad ocasionada generalmente por la pérdida del pulso cardiaco repentino debido a una arritmia y es considerado como un importante problema de salud pública a nivel mundial. En Colombia, no existen estudios poblacionales de marcadores moleculares asociados al fallecimiento por muerte súbita, lo cual ha conllevado a que dichos fallecimientos sean abordados exclusivamente por los estudios de patología, y que no se tenga información, dada las características de trabajar post-mortem, fácilmente aplicable, para el diagnóstico y la prevención. En el presente estudio, se pretende analizar marcadores moleculares tipo SNPs de microRNAs asociados a muerte súbita cardiaca en corazón estructuralmente sano, con el fin de establecer posibles marcadores moleculares como una herramienta adicional a los estudios de patología forense.

      Pablo Andres Perez Mesa

      Doctorado en Ciencias – Biología

      Valentina Cobo Paz

      Maestría Bioinformatica

      Yamile Rodríguez Riascos

      Maestría en Ciencias – Biología

      Ronald Andrés Pardo Riaño

      Maestría en Ciencias – Bioquímica

      Alexis Felipe Rojas Cruz

      Maestría en Ciencias – Biología

      Martín Guacaneme

      Pregrado Biología

      Estudiantes colaboradores

      Diego Alfonso Melo-Escobar

      Candidato a MSc en Ciencias -Biología-Universidad Nacional de Colombia

      Contacto: diameloes@unal.edu.co

      Proyectos en curso: Identificación de regiones conservadas y estructuradas de tRNAs candidatas a procesar RNAs pequeños en primates Catarrhini. El objetivo de este estudio es identificar ARN pequeños procesados ​​específicamente, derivados de secuencias estructuradas de ARNt en cinco especies del clado C atarrhino en primates. Se explorarán los genomas de Macaca mulata (Cercopithecidae), Pongo pygmaeus, Pan troglodytes, Homo sapiens y Gorilla gorilla (Hominidae) con aproximaciones computacionales, con el fin de identificar los posibles loci de los genes tRNA de estas especies.

      Jeisson Andrés Barriga Quique

      Pregrado Ciencias de la Computación

      Lizeth Catherine Ortiz Pulido

      Pregrado Ciencias de la Computación


      Estudiantes formados

      Jenny Consuelo Ortega Rojas

      Bióloga, Magister en Neurociencias, Estudiante de Doctorado Ciencias-Biología-Universidad Nacional de Colombia

      Contacto: biojenny08@gmail.com

      Proyectos en curso: La Enfermedad de Alzheimer esporádica ha sido objeto de investigación debido a su alta prevalencia e incidencia. El enfoque de la investigación realizada en colaboración con el Grupo de Neurociencias de la Universidad Nacional de Colombia es la búsqueda de factores genéticos y epigenéticos de riesgo para la enfermedad en pacientes colombianos. Como proyecto de Doctorado se propone el secuenciamiento de genomas completos con el fin de encontrar variaciones genómicas que podrían estar involucradas en el desarrollo y progresión de la enfermedad en Colombia.

      Camilo Alejandro Cerón Noriega

      Biólogo, Candidato a MSc en Bioinformática-Universidad Nacional de Colombia.

      Contacto: caceronn@unal.edu.co

      Intereses: Evolución del sistema inmune, Inmunogenetica, Primates Neotropicales.

      Proyectos en curso: El objetivo de mi trabajo de maestría es plantear posibles genes candidatos al sistema inmune en el tunicado Didemnum vexillum, teniendo como primer paso la reconstrucción del genoma de dicho protocordado por medio de herramientas computacionales; de esta reconstrucción se espera poder inferir regiones de sintenia compartida con otras especies de tunicados, generando así un panorama general de la evolución del sistema en estos cordados basales, dilucidando algunas de las bases evolutivas de la complejidad observada en los vertebrados superiores.

      Oscar J. Escobar-Soto

      Biólogo, Candidato a Maestría en Neurociencias- Universidad Nacional de Colombia.

      Contacto: ojescobars@unal.edu.co; ojescobars@gmail.com

      Intereses: Neurofisiología celular, Mecanismos de regulación post-transcripcional mediada por ncRNAs, evolución de RNAs, estudios de interacción de dupletas de RNA-RNA.

      Proyectos en curso: En la actualidad estoy trabajando en el estudio de interacciones entre de mRNA-ncRNA y sus implicaciones en la regulación post-transcripcional de genes relevantes en la Enfermedad de Alzheimer.

      Aimer Alonso Gutiérrez Diaz

      Biólogo de la Universidad Nacional de Colombia.

      Candidato a Maestría en Bioinformática en la Universidad Nacional de Colombia.

      Contacto: aiagutierrezdi@unal.edu.co

      Intereses: Evolución de RNA virus y ncRNAs, en especial miRNAs. Transcriptomica, en particuar "Pervasive transcription" y Estadística genómica.

      Proyectos en curso: Mi tesis de maestría se titula "Detección automatizada de pequeños fragmentos derivados de RNAs no-codificantes expresados diferencialmente frente a la infección del virus Dengue", mi principal interés es describir por primera vez el fenómeno de fragmentación funcional ante la infección del virus Dengue en humanos. Este fenómeno consiste en que moléculas de tipo RNA no codificante del huésped, como los tRNAs y snoRNAs, pueden en ciertas circunstancias, a través de un procesamiento post-transcripcional, funcionar como fuentes de pequeños fragmentos con características similares a miRNAs, los cuales se han visto asociados con promover o favorecer la replicación de virus como el virus de la hepatitis C, B, el virus sincitial respiratorio, entre otros.

      Edgar Torres

      Matemático, estudiante de maestría en Ciencias - Matemática aplicada - Universidad Nacional de Colombia

      Intereses: Modelación matemática y estudios del Transcriptoma utilizando propiedades de la combinatoria.

      Leidy Tatiana García Navarrete

      Candidata a Maestría en Bioinformática en la Universidad Nacional de Colombia.

      Contacto: ltgarcian@unal.edu.co

      Intereses: Genómica comparativa y evolutiva de especies vegetales con interés agronómico. Ensamblaje Genómico.  

      Proyectos en curso: Actualmente me encuentro trabajando en generar una estrategia computacional para detección y caracterización de bloques microsintenicos relacionados a regiones genómicas asociadas a domesticación en frijol Lima, este proyecto se realiza en colaboración con el grupo de Horticultura, de la Facultad de Ciencias Agrarias de la Universidad Nacional de Colombia.

      Luz Stefany Botero

      Maestría en Bioinformática.

      Genomica viral comparativa del virus Dengue

      Liliana Constanza Romero Marroquín

      Matemática y Magister en Ciencias - Matemática aplicada. Univerisdad Nacional de Colombia.

      Intereses: Métodos Numéricos, Programación y Genómica comparativa.

      Tesis de Maestría: "Una descripción matemática del recambio evolutivo de los ARNt del género Drosophila"

      En el trabajo de tesis se realizó un trabajo computacional exhaustivo para calcular las tasas de ganancia y degradación de genes ARNt entre doce especies del género Drosophila, esto con el fin de encontrar una relación entre dichas tasas y una media evolutiva global entre los genomas de estas especies.

      Andrés Puerta

      Biólogo, Candidato a Magister en Ciencias Básicas Biomédicas - Énfasis Genética.

      Contacto: apuertag@unal.edu.co; apuertag@gmail.com

      Intereses: Evolución, RNAs no Codificantes (ncRNAs), Biología Teórica y Filosofía de la ciencia.

      Proyectos en curso: Trabajo en la caracterización in silico de regiones estructuradas candidatas a ser RNAs no codificantes (ncRNAs) en los cuatro serotipos del virus Dengue.

      Cristian Arley Velandia Huerto

      Biólogo de la Universidad Nacional de Colombia.

      Candidato a Maestría en Bioinformática en la Universidad Nacional de Colombia.

      Contacto: cavelandiah@unal.edu.co

      Intereses: Evolución de ncRNAs, Vertebrados, Tunicados, Ensamblaje de genomas. Linux.

      Proyectos en curso: Estoy interesado en encontrar regiones candidatas a ncRNAs, por medio de la aplicación de estrategias de búsqueda por homología de secuencia y estructura secundaria, sobre la información genómica proveniente de diferentes especies de Tunicados. Esto, para encontrar relaciones evolutivas ancestrales y derivadas propias del grupo, que involucren genes codificantes y no codificantes, implicados en los mecanismos del desarrollo. Al mismo tiempo, para contribuir con el proceso de anotación genómica sobre el tunicado Didemnum vexillum.

      Laura Milena Nova Arias

      Estudiante de Biología- Universidad Nacional de Colombia

      Contacto: lmnovaa@unal.edu.co

      Interéses: dominios proteicos del sistema inmune, genómica comparativa, evolución.

      Proyectos en curso: Actualmente trabajo en la búsqueda de genes que codifican para proteínas con dominios NB en yuca Manihot esculenta en base al genoma de referencia, y se pretende hacer una comparación con variedades como KU50 y W14.

      Gabriel Luis Hernández Gómez

      Estudiante de Biología - Universidad Nacional de Colombia

      Contacto: glhernandezg@unal.edu.co

      Intereses: evolución, cordados, sistema inmune, sistemática filogenética.

      Actualmente trabajamos en la evolución del sistema inmune en los cordados. Nos enfocamos en identificar dominios del sistema inmune adaptativo en tunicados coloniales y pelágicos. En el futuro nos gustaría analizar datos de expresión diferencial para corroborar nuestras hipótesis.

      Valeria Cadena

      Pregrado en Biología

      Estudio evolutivo de genes del aloreconocimiento en tunicados.

      Edna Rocio Romero Rojas

      Bióloga – Universidad Nacional de Colombia.

      Astrid Arena Olave Herrera

      Matemática – Universidad Nacional de Colombia.

      Kevin Nicolás Calderón Gallegos

      Biólogo – Universidad Nacional de Colombia

      Sergio Iván Cohecha Claros

      Biólogo  - Universidad Nacional de Colombia

      Jorge Eduardo Amaya Romero

      Estudiante de Biología- Universidad Nacional de Colombia

      Contacto: joreamayarom@unal.edu.co

      Proyectos en curso: Platform to study human tRNA gene turnover and dynamics of tRNA-derived small RNAs from genomic and transcriptomic data.


    Publicaciones

    • Rnomica
      • Evaluation of Conserved RNA Secondary Structures within and between Geographic Lineages of Zika Virus. 2021. K CalderonGallegos, FJ Galindo, CI Bermudez-Santana. Life In Evaluation.
      • The genome of the “Sea Vomit” Didemnum vexillum. 2021. E ParraRincón, C Velandia Huerto, J Fallmann, A Gittenberger, T Gatter, F Brown, P Stadler, CI Bermúdez-Santana. Genomics: In Evaluation.
      • Garcia T, Duitama J, Zullo SS, Gil J, Ariani A, Dohle S, Palkovic A, Skeen P, BermudezSantana CI, Debouck DG, Martínez-Castillo J, Gepts P, Chacón-Sánchez MI. Comprehensive genomic resources related to domestication and crop improvement traits in Lima bean. Nat Commun. 2021 Jan 29;12(1):702. doi: 10.1038/s41467-02120921-1. PMID: 33514713; PMCID
      • ÁlvarezDíaz, D. A. and Gutiérrez-Díaz, A. A. and Orozco-García, E. and Puerta-González, A. and Bermúdez-Santana, C. I. and Gallego-Gómez, J. C. Dengue virus potentially promotes migratory responses on endothelial cells by enhancing pro-migratory soluble factors and miRNAs”, Virus Res,2019, 259:68–76”, 01.
      • VelandiaHuerto CA, Brown FD, Gittenberger A, Stadler PF, Berm´udez-Santana CI. Nonprotein-Coding RNAs as Regulators of Development in Tunicates. Results Probl Cell Differ. 2018;65:197-225. doi: 10.1007/978-3-319-92486-1 11. PMID: 30083922.
      • Faria, R., Triant, D., PerdomoSabogal, A. et al. Introducing evolutionary biologists to the analysis of big data: guidelines to organize extended bioinformatics training courses. Evo Edu Outreach 11, 8 (2018). https://doi.org/10.1186/s12052018-0080-z
      • C VelandiaHuerto, S Berkemer, A Ho↵mann, N Retzlaff, L Romero Marroquín, M HernándezRosales, PF Stadler and Bermudez-Santana C: Orthologs, turn-over, and remolding of tRNAs in primates and fruit flies BMC Genomics 2016, 17:617
      • C VelandiaHuerto, A Gittenberger, F Brown, PF. Stadler and Bermudez-Santana CI: Automated detection of ncRNAs in the draft genome sequence of a colonial tunicate: the carpet sea squirt Didemnum vexillum. BMC Genomics 2016, 17:691
      • BermudezSantana C. Aplicaciones De La Bioinformática En La Medicina: El Genoma Humano. ¿Cómo Podemos Ver Tanto Detalle? Acta biol. Colomb., Volumen 21, Número 1Supl, p. 249-258, 2016.
      • BermudezSantana, C., (2011). Buscando Agujas en un pajar: viajes de RNAs pequeños in silico e in vitro. Acta Biológica Colombiana ISSN: 0120-548X ed: Facultad De Ciencias Universidad Nacional v.16 fasc.3 p.103 - 113, 2011.
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      • Marz, M., Tafer, H., Hertel,J., Bartschat, S., Kehr, S., Rose, D., Otto, W., Donath, A., Tanzer, A., BermudezSantana, C., Gruber, A., Juhling, F., Engelhardt, J., Busch, A., Stadler, P.F., Dieterich, C. (2010). Comparative Analysis of Non-Coding RNAs in Nemathodes Submitted.
      • Langenberger D, BermudezSantana, C, Stadler, P. F. Ho↵mann, S. (2010). Identification and classification of small RNAs in transcriptome sequence data. Pacific Symposiumon Biocomputing 15:8187.
      • Langenberger D, BermudezSantana C, Hertel J, Hoffmann S, Khaitovitch P, Stadler PF: (2009). Evidence for Human microRNAOffset RNAs in Small RNA Sequencing Data”, Bioinformatics, doi:10.1093/bioinformatics/btp419. 25(18):22982301.
      • Copeland, C., Marz, M., Rose, D., Hertel, J., Brindley, P., BermudezSantana, C., Kehr, S., Stephan-Otto, C., Stadler, P. F. (2009). Homology-Based Annotation of Noncoding RNAs in the Genomes of Schistosoma mansoni and Schistosoma japonicum. BMC Genomics, 10:464:1-13.
      • Galindo, J.F. Bermudez, C., Daza. E.E. tRNA Chemical Structure from a Quantum and Graph Theoretical Perspective, 2006. J. Theor. Biol. Volume 240: 4, 574582. Galindo, J.F., Bermudez, C., Daza E.E. A classification of central nucleotides induced by the influence of neighboring nucleotides in triplets. Journal of Molecular Structure. 2006, J. of Mol. Struct. THEOCHEM. Volume 769:13, 103-109.
      • Bermudez, C., Daza, E.E., Andrade. E. Characterization and Comparison of Escherichia coli transfer RNAs by graph theory based on secondary structure. Journal of Theoretical Biology, 1999, Vol. 197: 193–205.
    • Teorica
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      • Rubiano G. (and B. Jurcˇicˇ), Iteracije In Fraktali, Zveza Za Teh nicˇno Kulturo, Slovenije, Ljubljana, ISBN 978-961-6243-71-1, (2017).
      • Rubiano G. (and B. Jurcˇicˇ), Dimensiones de las Pirámides Egip cias, Boletín de Matemáticas, ISSN 0120-0380, Vol. 23(1), (2016). (pdf )
      • Rubiano G. (and J. L. Ramírez), Generating Fractal Patterns By Using P Circle Inversion, Fractals, Vol. 23, No. 4, pp. 1-13, DOI: 10.1142/S0218348X15500474 (2015). (pdf)
      • Rubiano G. (and J. L. Ramírez), Biperiodic Fibonacci Word And Its Fractal Curve, Acta Polytechnica, Vol. 55, 1, pp. 5058, ISSN 1210-2709 (Print) ISSN 1805-2363 (2015). (pdf)
      • Rubiano G. (and J. L. Ramírez), A geometrical construction of inverse points with respect to an ellipse, International Journal of Mathematical Education in Science and Technology, ISSN 0020739X (Print), 1464-5211 (Online), (2014). (pdf) (web)
      • Rubiano G. (and J. L. Ramírez), Properties and Generalizations of Fibonacci Word Fractal, Exploring Fractal Curves, The Mat hematica Journal, Vol. 16, 2, 1–25, (2014). (pdf) (web)
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      • Rubiano G. (and J. L. Ramírez), Elliptic Inversion Of TwoDi- mensional Objects [A graphical point of view with Mathema- tica], International Journal of Geometry. ISSN 22479880, Vol. 3 (2014), No. 1, 12–27. (pdf)
      • Rubiano G., (and J. E. Robles), Topologías de Alexandroff: di ferentes contextos. Boletín de Matemáticas, 20, 2, ISSN 0120- 0380, 125–134 (2013). (pdf)
      • Rubiano G. (and J. L. Ramírez), On the k Fibonacci words. Acta Univ. Sapientiae, Informatica, 5, 2, 212–226, 2013, ISSN 2066- 7760 (online version) ISSN 1844-6086 (printed version). (pdf )
      • Rubiano G. (and J. L. Ramírez), La Cadena Fractal de Fibonac ci y Algunas Generalizaciones. Memorias del XXI Encuentro de Geometría y sus aplicaciones, ISSN: 2346-0539, Universidad Pedagógica Nacional. Junio de 2013. (pdf)
      • Rubiano G., Construction of topologies, filters and uniformi ties for a product of sets, arXiv: arXiv:1302.3665 [cs.DM], Cor- nell University Library, (15 Feb 2013). (pdf)
      • Rubiano G. (and J. L. Ramírez, and R. De Castro), A Generaliza tion of the Fibonacci Word Fractal and the Fibonacci Snowfla- ke, arXiv: 1212.1368 [cs.DM], Cornell University Library. (pdf)
      • Rubiano G. (and J. L. Ramírez), Generación de curvas fractales a partir de homomorfismos entre lenguajes [con Mathemati ca], Revista Integración, ISSN 2145-8472, Vol. 30(2), 129–150 (2012). (pdf) (SciELo)
      • Rubiano G., La conjetura de Poincaré, Boletín de Matemáticas, ISSN 01200380, Bol. Mat. 19(1), 91–95 (2012). [Review] (pdf )
      • Rubiano G. (and O. Palacios, and B. Jurcˇicˇ), Transformaciones de Moebius y fractales [con Mathematica], Boletín de Mate máticas, ISSN 0120-0380, Vol. 18(2), 183–198 (2011). (pdf)
      • Rubiano G., El Chícharo y el Sol. Una Paradoja Matemática, Boletín de Matemáticas, ISSN 01200380, Bol. Mat. 18(1), 105– 108 (2011). [Review] (pdf)
      • Rubiano G., Benoit B. Mandelbrot (1924–2010), Boletín de Ma temáticas, ISSN 0120-0380, 17(2), pág.193–196 (2010). [Paper] (pdf )
      • Rubiano G., Iteración y fractales [con Mathematica], contest winner ‘Obra selecta’, UN Editorial, Univ. Nacional. de Colom bia. Bogotá, Colombia, 2009. ISBN 958-719-208-7. [Book.]
      • Rubiano G., Método de Newton, Mathematica y fractales: his toria de una página, Boletín de Matemáticas, ISSN 0120-0380, Vol XIV, 1, junio 2007, pág. 44–63. [Paper] (pdf )
      • Rubiano G.,Topología algebraica [fundamentos], texto, Univ. Nacional. de Colombia. Bogotá, Colombia, 2007. ISBN 958 701-613-0. [Algebraic Topology. Book.]
        Zentralblatt Math 1121.55001 [Foundations of Algebraic topology. Book]
      • Rubiano G., Sobre el número de topologías en un conjunto fi nito, Boletín de Matemáticas, ISSN 0120-0380, Vol XIII, 2, di- ciembre 2006, pág. 136–158. [On the number of topologies over a finite set. Paper] (pdf)
      • Rubiano G. (and R. De Castro), Esqueletos de retículos com pletos, Boletín de Matemáticas, ISSN 0120-0380, Vol XI, 2, di- ciembre 2004, pp. 109–131. [Skeletons of complete lattices.] (pdf )
      • Rubiano G., Construcción de topologías, filtros y uniformida des para un producto de conjuntos, Boletín de Matemáticas, Vol XII, 1, junio 2005, pág. 63–80.[Construction of topologies, filters an uniformities for a set product. Paper] (pdf )
      • Rubiano G. (and R. De Castro), Una revisión del completa- miento de Dedekind–MacNeille, Miscelánea matemática, So- ciedad Matemática Mexicana, 37, 65–76, 2003. (pdf )
      • Rubiano G. (and R. Jiménez, E. Gordillo), Teoría de Números, texto, coautor. Ed. Unibiblos 2004. Colección Fac. de Ciencias,
      • Univ. Nal. de Col. Bogotá, Colombia. ISBN 958701-372-7. Zentralblatt Math Zbl 0956.11001[NumberTheory.Book]
      • Rubiano G., Topología General, Segunda edición, texto, Univ. Nal. de Col. Bogotá, Colombia, 2002, ISBN 958701-108-2. Zentralblatt Math Zbl 0946.54002[Topology.Book]
      • Rubiano G., Fractales para profanos, libro, Ed. Unibiblos 2001, Univ. Nal. de Col. Bogotá, Colombia. ISBN 958805-99-1. Zentralblatt Math 0982.37001[Fractalsforlaymen.Book]
      • Rubiano G., De filtros a CPO’s..., Memorias del XVI Coloquio Distrital de Matemáticas, Diciembre 1999, Bogotá, Colombia.
      • Rubiano G., Acerca de la Topología Producto, Memorias del VIII Encuentro de Geometría y sus Aplicaciones, 1998.
      • Rubiano G., Fractales: La Huella del caos, Lecturas Matemáti cas, Vol. 18, No. 1, 1997. (pdf )
      • Rubiano G., El conjunto de Mandelbrot, Boletín de Matemáti cas, Vol III, I, pág. 25 . 36, 1996. (pdf )
      • Rubiano G., Intuición vs. Computadores, Notas de Matemáti cas, Vol. 33, 1994.
      • Rubiano G., Acerca del Teorema de Sarkovskii, Memorias del I Congreso Iberoamericano en Topología, España, 1995.
      • Rubiano G., Sobre el Teorema de Sarkovskii, Lecturas Matemá ticas, ISSN 0120-1980, Vol. 15, No. 1, 1994.
      • Rubiano G., Caos vs Mathematica, Memorias, V Congreso Nal. de Geometría y sus aplicaciones, Bogotá, 1994.
      • Rubiano G., Acerca de la Literatura Matemática, Matemática Enseñanza Universitaria, Univ. del Valle, 1993.
      • Rubiano G., Aspectos de Topología, Notas, Sección de Pub. Univ. Nal. de Colombia, 1992.
      • Rubiano G., Temas de Topología, Texto, 25 años Facultad de Ciencias, Bogotá, 1990.
      • Rubiano G., Sobre límites inversos en Topología, Publicación Soc. Col. de Mat., Memorias del XIII Congreso Nacional de Ma temáticas, 1988.
      • Rubiano G., Límites Inversos en Topología, Lecturas Matemá ticas, ISSN 0120-1980, Vol. 9, 1988.
      • Rubiano G., Una Nota en Convergencia, Boletín de Matemáti cas, Vol.22,1988. (pdf)
      • Rubiano G., La Cohomología con coeficientes en un haz, un enfoque categórico, I Congreso Distrital de Mat. y Est., Memo rias, Bogotá, 1985
      • Rubiano G., Sobre el Teorema de Bifurcación de Kransnosels ki, Universidad de Ljubljana, Eslovenia, 1981.
      • Rubiano G., Sobre el Teorema de BorsukUlam Seminario, Uni- versidad de Ljubljana, Eslovenia, 1981.

    Proyectos

    Detección De La Variabilidad Molecular En El Genoma Del Virus Sars-Cov-2 Y En Otros Betacoronavirus: Hacia Un Sistema De Vigilancia Molecular En Pandemia Y Postpandemia

    Convocatoria: Invitación directa a presentar propuestas de investigación e iniciativas de intercambio de conocimiento relacionadas con la pandemia y pospandemia del Covid-19
    Modalidad: Modalidad 2 - Proyectos

    Fecha Inicio: 19/10/2020
    Fecha Finalización: 19/10/2021

    Identificacion De Mutaciones En Genes Asociados A Canalopatías Hereditarias Mediante Análisis Exómico

    Convocatoria: Convocatoria para el apoyo al desarrollo de tesis de doctorado de la Facultad de Ciencias - Sede Bogotá, de la Universidad Nacional de Colombia 2020
    Modalidad: Modalidad Única: apoyo a tesis de doctorado en cualquier área del conocimiento.

    Fecha Inicio: 17/09/2020
    Fecha Finalización: 17/09/2021

    Caracterización Del Viroma De Holobiontes Invertebrados Marinos Como Base Para Estudios Ecológicos De Ecosistemas Marinos- Minciencias

    Convocatoria: Convocatoria externa
    Modalidad: Convocatoria externa

    Fecha Inicio: 13/01/2021
    Fecha Finalización: 13/01/2022

    Genómica Evolutiva Del Metabolismo Especializado

    Convocatoria: Convocatoria externa -Minciencias-Max Planck Tandem Group
    Modalidad: Convocatoria externa

    Fecha Inicio: 10/06/2019
    Fecha Finalización: 10/06/2024

    Expedición Virológica En Ecosistemas Representativos De Colombia: Selva Húmeda Tropical De La Sierra Nevada De Santa Marta

    Convocatoria: Convocatoria externa – Minciencias - Ins - Universidad del Magdalena - Universidad de Antioquia
    Modalidad: Convocatoria externa

    Fecha Inicio: 20/12/2018
    Fecha Finalización: 20/12/2021

    Centro De Excelencia En Computación Cientifica Center Of Excellence In Scientific Computing: Coe-Scico

    Convocatoria: Banco De Propuestas Para La Consolidación De Centros De Excelencia 2020-2021
    Modalidad: Modalidad Única: Banco De Propuestas Para La Consolidación De Centros De Excelencia 2020-2021 -En Evaluación

    Centro De Excelencia En Genómica Y Bioinformática De La Universidad Nacional De Colombia - Cegbio

    Convocatoria: Banco De Propuestas Para La Consolidación De Centros De Excelencia 2020-2021
    Modalidad: Modalidad Única: Banco De Propuestas Para La Consolidación De Centros De Excelencia 2020-2021-En Evaluación

    Platform To Study Human Trna Gene Turnover And Dynamics Of Trna-Derived Small Rnas From Genomic And Transcriptomic Data

    Convocatoria: Registro Único De Proyectos- Daad-Procol-Universidad De Leipzig
    Modalidad: Proyecto O Programa De Investigación

    2014-2016

    Regiones Estructuradas De ARNs No Codificantes Del Genoma Del Tunicado Didemnum Vexillum

    Convocatoria: Convocatorias Externas
    Modalidad: Proyectos De Convocatorias Externas – Banco De La República

     2015-2016

    Análisis Genético Postmorten De Mutaciones Asociadas A Canalopatías Cardiacas Hereditarias En La Población Colombiana Fase I

    Convocatoria: Registro Único De Proyectos
    Modalidad: Proyecto O Programa De Investigación -Instituto Nacional De Medicina Legal Y Ciencias Forenses Y Fundación Cardio Infantil

    Análisis Genómico Funcional De Variantes De Mirnas En Un Trio Familiar Asociado A La Enfermedad De Alzheimer- Un Estudio Piloto Hacia La Genómica Personalizada

    Convocatoria: Convocatoria Nacional de Proyectos para el Fortalecimiento de la Investigación, Creación e Innovación de la Universidad Nacional de Colombia 2016-2018
    Modalidad: Modalidad única
     

    Estudio Genómico Y Epigenético En Nodos De Una Red Identificada Para La Enfermedad De Alzheimer En Pacientes Colombianos

    Convocatoria: Convocatoria externa -MinCiencias
    Modalidad: Convocatoria externa

    Estudio De Las Relaciones Entre Variantes Genómicas Y Epigenéticas De Genes De Riesgo Para Enfermedad De Alzheimer Esporádica En Pacientes Y Familias Colombianas.

    Convocatoria: Convocatoria del Programa Nacional de Proyectos para el Fortalecimiento de la Investigación, la Creación y la Innovación en Posgrados de la Universidad Nacional de Colombia 2013-2015
    Modalidad: Modalidad 2: Nuevos Proyectos de Investigación, Creación o Innovación

    Estudio De La Organización Genómica De Regiones Adyacentes A Dominios Ancestrales Del Sistema Inmune De Cordados Inferiores

    Convocatoria: Convocatoria externa – MinCiencias - Universidad de Leipzig, Universidad de Sao Paulo, Universidad de Leiden-Gimaris
    Modalidad: Convocatoria externa

    1st Programming For Evolutionary Biology Goes To The Americas November 24th To December 12th, Bogotá Colombia

    Convocatoria:  Convocatoria del Programa Nacional de Difusión del Conocimiento Mediante Eventos de Investigación, Creación e Innovación 2013-2015
    Modalidad:  Modalidad 1. Eventos de Carácter Internacional.

    Caracterización De Las Interacciones Codón-Anticodón Correspondientes Los Aminoácidos Aspártico Y Asparagina

    Convocatoria: Convocatoria Nacional de Investigación 2006
    Modalidad: 1. Apoyo a Grupos de Investigación Consolidados con Docentes Nuevos (Marsupial) a Través de Proyectos


    Contacto

    Laboratorio de Biología Computacional, 201B

    Departamento de Biología, edificio 421

    Universidad Nacional de Colombia, Sede Bogotá.

    Contacto: Clara Isabel Bermúdez Santana

    Correo: cibermudezs@unal.edu.co


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